En 1492 los Reyes Católicos ordenaron la expulsión de la comunidad judía de Castilla. Entonces los monarcas cedieron la sinagoga de Samuel ha-Leví a la Orden de Calatrava a cambio de los palacios de Galiana (hoy convento de Santa Fe), que eran propiedad de los caballeros calatravos desde que el rey Alfonso VIII se los otorgara en 1210.
El edificio, por tanto, pierde su función como sinagoga y pasa a ser ermita de San Benito con rango de priorato. La gran sala de oración se convirtió en un templo cristiano y el espacio se destinó a asistir espiritualmente a los calatravos y a servir de asilo y de lugar de sepultura de los caballeros más notables de la Orden. Sus lápidas funerarias, algunas de ellas resaltadas sobre el suelo y otras a ras de este, permanecieron allí hasta que en 1964 fueron depositadas en el Museo de Santa Cruz de Toledo.
Una de ellas, realizada en mármol y pizarra y decorada con motivos vegetales, perteneció a Frei Gracián de Sesé. El mármol ocupa la parte central y contiene los escudos familiares del personaje, mientras que la pizarra, en el perímetro exterior, alberga la inscripción funeraria. A pesar de que cuenta con cierto deterioro, todavía puede leerse lo siguiente:
AQUI YAZE: EL HONRADO : CAUALLE
RO: FREI : GRACIAN : DE SESE COMENDADOR : DE LAS CASAS :
/DE TOLEDO DELA : ORDEN : DE C
[ALATRAUA QUE D]IOS AYA: F
ALLESCIO: A: UEIN[TE] [—] [DIAS DEL MES DE] [—][ANNO][I]UDVI
/: ANNOS:
«Aquí yace el honrado caballero Frei Gracián de Sesé, comendador de las casas de Toledo, de la orden de Calatrava, que Dios haya. Falleció a veinte…días del mes de…año de 1506 años».
(Transcripción y lectura proporcionada por Elisabeth Menor Natal)
Apenas se cuenta con información documental de este Frei Gracián de Sesé. Es posible que fuera hijo del corregidor y alcaide de la fortaleza de Trujillo, Gracián de Sesé y de Inés de Luna. Esta posibilidad se refuerza por la presencia del escudo de la familia Luna entre los representados en la parte de mármol de esta lápida.